home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ HPAVC / HPAVC CD-ROM.iso / pc / TIERRA40.ZIP / DOC / ANNOUNCE.311 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1992-09-11  |  7.9 KB  |  190 lines
  1.                                 TIERRA UPDATE:
  2.    (Version 3.11 now available, FTP site reorganized, New Tools, Bug Fixes,
  3.       Genebank Verification, Garbage Collection, New Genomes, Mneumonics
  4.                 Shortened, Virtual Extraction, DEC Grant, Sex)
  5.  
  6. This message contains:
  7.  
  8. 1) Availability of Tierra V3.11 source code
  9.    a) by ftp
  10.    b) by snail mail on disk
  11. 2) FTP Site Reorganized
  12. 2) New Tools
  13. 3) Bug Fixes
  14. 4) Genebank Verification
  15. 5) Garbage Collection
  16. 6) New genomes distributed
  17. 7) Opcode mneumonics limited to six characters
  18. 8) Virtual Extraction
  19. 9) Grant from Digital Equipment Corporation
  20. 10) Future Sex
  21.  
  22. 1) Availability of Tierra V3.11 source code
  23.  
  24.    a) by ftp
  25.  
  26.      The V3.11 source code, the source code, and DOS executables of all tools
  27. is available now.  If you use the software, be sure to pick up new versions
  28. soon from the ftp site.  The source in the ftp site will be replace on a
  29. roughly monthly or bi-monthly basis.
  30.  
  31.      The complete source code and DOS executables are available by anonymous
  32. ftp at:
  33.  
  34. tierra.slhs.udel.edu [128.175.41.34] and
  35.   life.slhs.udel.edu [128.175.41.33]
  36.  
  37. in the directories: DOS/, almond/, beagle/, doc/, and tierra/.
  38.  
  39. To get it, ftp to tierra or life, log in as user "anonymous" and give your
  40. email address (eg. tom@udel.edu) as a password.  Be sure to transfer binaries
  41. in binary mode (it is safe to transfer everything in binary mode).
  42. Each directory contains a compressed tar file (filename.tar.Z) and a SRC
  43. directory that contains all the files in raw ascii format.  You can just
  44. pick up the .tar.Z files, and they will expand into the complete directory
  45. strucutre with the following commands:
  46.  
  47. uncompress tierra.tar.Z
  48. tar oxvf tierra.tar
  49.  
  50.    b) by snail mail on disk
  51.  
  52.      If you do not have ftp access you may obtain everything on DOS disks
  53. by making a check for $65 (US dollars drawn on a US bank) payable to
  54. Virtual Life.  Specify 3.5" or 5.25" disks.  Send the check to one of the
  55. following addresses:
  56.  
  57. Tom Ray                  (January through August)
  58. Santa Fe Institute
  59. 1660 Old Pecos Trail
  60. Suite A
  61. Santa Fe, NM 87501
  62.  
  63. Virtual Life             (September through December)
  64. P.O. Box 625
  65. Newark, Delaware 19715
  66.  
  67.      The DOS disks contain everything but ALmond.  They include DOS
  68. executables, source code and documentation.  The DOS disks include an easy
  69. installation program.  This is the same source and executables available in
  70. the ftp site.  If you have ftp access, there is no need to buy the disks.
  71.  
  72. 2) New Tools
  73.  
  74.      Several new (and some old) tools, developed by Dan Pirone and Tom Ray,
  75. are now fully documented and available in the ftp site:
  76.  
  77. rnd_inst - A tool for altering the physics of the system by randomly mapping
  78.      opcodes to instructions, with some optional restrictions on hamming
  79.      distances between pairs of instructions.  The output is an opcode.map
  80.      file.
  81.  
  82. probe - A tool for surveying the genebank, with various optional selection
  83.      criteria (a new tool, but proving very useful).
  84.  
  85. tieout - A tool for generating x,y data from the tierra.log file.  This is
  86.      used on a regular basis to generate graphics of size of creatures over
  87.      time during a run.
  88.  
  89. diverse - A tool that reads the birth and death records (break.X files) output
  90.      by Tierra and transforms them into various measures of diversity, for
  91.      graphical or other analysis.
  92.  
  93. beagle - A DOS only tool which provides a variety of graphical displays of
  94.      the output from the Tierra simulator.  It is used after a run, and is
  95.      highly recommended as a tool for analyzing the results of a run.
  96.  
  97. run_info - A function of the beagle program, also available as a stand-alone,
  98.      due to its hunger for memory.
  99.  
  100. fragment - A function of the beagle program, also available as a stand-alone,
  101.      due to its hunger for memory.
  102.  
  103. ALmond - A UNIX only tool which runs as a separate process on the same or a
  104.      different machine.  ALmond establishes socket communications with a
  105.      running Tierra, and provides a color display of the spatial distribution
  106.      of the creatures in the soup, showing all births and deaths.  This tool
  107.      has some new functions: you can view the positions of the instruction
  108.      pointers, or the activity of the moviab instruction.
  109.  
  110. 3) Bug Fixes
  111.  
  112. histograms - Version 3.1 included some obvious errors in the histogram
  113.      display.  These have been corrected.
  114.  
  115. moviab - This instruction allows creatures to alter their own genome by
  116.      writing on themselves.  Before V3.11, the genebanker did not watch
  117.      for genetic changes occurring in this manner.  This created observational
  118.      errors comparable to the ploidy bug corrected in V3.1.  The genebanker
  119.      now catalogs genetic change by this mechanism.  It is believed that
  120.      the genebanker is now fully reliable (see below).
  121.  
  122. chmod - The chmod function was supposed to return a value, but did not.
  123.      This had the consequence that a flag was set every time a creature
  124.      allocated space for a daughter, and these were recorded with the
  125.      demography data associated with each creature.  This has been corrected.
  126.  
  127. arg r option - The arg r option (replace or add) was not working, but
  128.      is now.
  129.  
  130. 4) Genebank Verification
  131.  
  132.      Error checking code has been added which completely verifies that the
  133. distribution of genotypes in the soup matches that reflected in the genebank,
  134. and that various counts are internally consistent within the genebank.
  135.  
  136. 5) Garbage Collection
  137.  
  138.      Routines have been added which clean-up the genebank once per million
  139. exectued instructions.  Among other things, once a size class is extinct,
  140. all genomes of that size are eliminated from RAM.  Permanent genomes are first
  141. saved to disk.
  142.  
  143. 6) New genomes distributed
  144.  
  145.      Many new genomes were first distributed with V3.1, but they were not
  146. mentioned in the announcement.  These are the genomes of most of the
  147. creatures described in the publications and videos: parasites,
  148. hyper-parasites, social creatures, cheaters, etc.
  149.  
  150. 7) Opcode mneumonics limited to six characters
  151.  
  152.      To facilitate their display by the Beagle tools, the opcode mneumonics
  153. have been limited to six characters.  This affects push_ax, push_bx, push_cx,
  154. push_dx, and mov_iab.  These have been changed to pushax, pushbx, pushcx,
  155. pushdx and moviab.  This means that old ascii genome files can not be read
  156. by the new tools.  It does not affect binary genome files.  Old binary files
  157. will be mapped to the new names when they are converted to ascii by the new
  158. software.  All the ascii .tie files are redistributed in the new format.
  159.  
  160. 8) Virtual Extraction
  161.  
  162.      When a new genotype crosses one of the thresholds (SavThrMem or
  163. SavThrPop) its name becomes permanent and it is ``extracted'' (written to
  164. disk).  This event is noted in the user interface and in the tierra.log
  165. file like: ex = 0079aaa @ 13
  166. The new feature is that when a genotype goes extinct, then reappears and
  167. crosses the thresholds again, it experiences a ``virtual extraction'',
  168. which means that it is not written to disk (since it is already there),
  169. but the extraction event is written to the interface and the tierra.log
  170. file like: ex = 0079aaa @ 13 v
  171. This was done to facilitate the use of the tieout tool with cumulative
  172. genebanks, but it results in nicer extraction data in other senses as well.
  173.  
  174. 9) Grant from Digital Equipment Corporation
  175.  
  176.      The Semiconductor Engineering Group of Digital Equipment Corporation has
  177. donated two fully loaded DS5000 workstations to the Santa Fe Institute as a
  178. part of a grant to Tom Ray titled: ``Computer Architectures for the Natural
  179. Evolution of Machine Codes''.  These two machines will be the primary platform
  180. for Tierra research and development in the near future.
  181.  
  182. 10) Future Sex
  183.  
  184.      Walter Tackett (tackett@ipld01.hac.com or tackett@priam.usc.edu)
  185. has implemented haploid sex based on cross-over (a random cross-over point
  186. used by the moviab instruction) in his private copy of Tierra V3.0.  The
  187. methodology used by Tackett has been implemented in the Santa Fe verison of
  188. Tierra.  It will be released when it has undergone more testing to verify its
  189. functions.
  190.